Hola, Diego Efe.
Leí así nomás a los apurones, y voy a ir contestandoté de la misma forma, así que no te quedes con mi respuesta, recordá que siempre podes hacer preguntas en
http://ask.fedoraproject.org y vas a tener un grado de respuestas mucho mejor que en la lista, y con mucha más velocidad ;-)
Usando "yum" no importa en el directorio que estés, yum es tán mágico como pensas, jeje :-)
Desconozco sobre Bower, pero creo que, maneja paquetes que tu web va a usar, por lo tanto, corresponde que se encuentre en el directorio donde tu web funcionaría.
Yum maneja los paquetes del sistema, Bower maneja paquetes (librerías) de tu aplicación web, eso es lo que estoy entendiendo.
De Homebrew no pude averiguar nada, pero fijate, quiza sea el mismo caso que con bower.
"root" es el usuario super administrador del sistema, todos los sistemas GNU/Linux traen por defecto el usuario root, utilizando "sudo" (super user do) ejecutas comando (casi) como "root", esto es por seguridad, y es uno de los mayores beneficios que tienen los sistemas Unix-based.
Podes cambiarle la contraseña por consola, pero, basicamente, deberías pensar que "root" es el administrador de sistema, y vos un usuario final, esto permite que cualquiera que use la computadora, tenga que saber el password de root para hacer alguna modificación.
Espero me hayas entendido, disculpa la demora de la respuesta, y acordate que siempre es más efectivo preguntar en
http://ask.fedoraproject.org, donde te van a responder en español desde varios lugares, y gente con mayor experiencia y didactica que yo.
Saludos! Y bienvenido al mundo de GNU/Linux.