Olá, Flávio!
É na inicialização do Chrome que se define o proxy a ser usado:
$ google-chrome --proxy-server=host:port
Tive o desconforto de, por um tempo , estar montando um servidor proxy
e realizar teste com vários navegadores, dentre eles o Chrome. Isso de
assumir o proxy definido no sistema nunca funciona =/
Abraços.
Rafael Prenholato