Bom, realmente tá tudo muito estranho. Por isso achei que seria interessante eu colocar todas as configurações de layout de teclado e método de entrada (IM).
Para começar, meu layout de teclado é ABNT2, para isso configurei o "Input Sources", no "Region & Language", para usar o "Portuguese (Brazil)"; também, ainda no "Region & Language", mantive o Gnome (meu WM) em inglês e em "Formats" defini para "Brazil".
Dessa maneira, todo meu sistema funciona perfeitamente com o método de entrada desejado, excetuando, é claro, o Skype que se corrige com o procedimento já falado nessa thread.
Ainda configurei o "im-chosser" para usar o "No Input Method". No meu desespero com o Skype vi que não virava nada as outras opções, como também não interferia no resto do sistema, então mantive essa opção, já que também o "Recomendado" (entre aspas mesmo) tem algum bug.
Talvez seja interessante, ainda em "Region & Language", na aba "Settings", clicar em "Copy settings..." para atribuir as configurações de usuário para o resto do sistema.
Espero que isso possa ajudar.
Abraços.