Use gsettings para isso. Exemplo:

$ gsettings set org.gnome.shell favorite-apps ['firefox.desktop','evolution.desktop','eclipse.desktop','gnome-terminal.desktop']

O único inconveniente é que, ao executar esse comando, todos os aplicativos que já estavam no favoritos serão substituídos pelos últimos acrescentados

Abraços.

Rafael Prenholato
Estudante de Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas - IFSP Campus São Carlos
Técnico em Informática no Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação - USP

2012/7/6 Celso Viana <celso.vianna@gmail.com>
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> Favoritos do que? Qual software?
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>> Celso Vianna
>> BSD User: 51318
>> http://www.bsdcounter.org
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>> 63 8404-8559
>> Palmas/TO
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>> br-users@lists.fedoraproject.org
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> Adorilson Bezerra
>
> Atenção: Este e-mail pode conter anexos no formato ODF (Open Document
> Format)/ABNT (extensões odt, ods, odp, odb, odg). Antes de pedir os anexos
> em outro formato, você pode instalar gratuita e livremente o BrOffice
> (http://www.broffice.org) ou o seguinte Plugin para Microsoft Office
> (http://www.sun.com/software/star/odf_plugin/get.jsp).
>
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> br-users@lists.fedoraproject.org
> https://admin.fedoraproject.org/mailman/listinfo/br-users

Me expressei mal. Qualquer software... por exemplo: por padrão o
Firefox já está na barra de favoritos do Gnome 3; como acrescentaria o
Virtualbox, Chrome, etc editando diretamente os arquivos de
configuração, de maneira não interativa?