Bom dia, Hugo.
Isso depende do gerenciador de janelas que você está usando. No Gnome3, por exemplo, você pode criar launchers( veja bem, isso não é um ícone de área de trabalho ) editando( ou criando ) arquivos .desktop em /usr/share/applications.
Assim, quando buscar pelo nome do lançador Y que você criou ele funcionará com um ícone de desktop, fora do desktop. Rs...
A sintaxe seria a seguinte:
Name=Eclipse
Comment=Java IDE
Exec=/home/userZ/eclipse/eclipse
Icon=/home/userZ/eclipse/eclipse.xpm
Abraços.