Uma outra possível alternativa seria utilizar o comando package-cleanup (que faz parte do yum-utils, se não me engano). Você pode listar todos os pacotes duplicados com o comando:

# package-cleanup --dupes

E se tudo der certo, tu deve conseguir remover eles com o comando:

# package-cleanup --cleandupes

No caso de você ter notado a tempo, acho que ainda é possível fazer o yum continuar de onde parou com o comando yum-complete-transaction.