Os tutoriais normalmente falam apenas da instalação, instalar é fácil, vc escolhe o java 'original' ou mantém o icedtea q é aberto e já vem no Fedora. Mas acontece em várias aplicações de seu java ñ ser reconhecido, como se ñ tivesse instalado, isso pq o plugin do java ñ está habilitado por razões de segurança. Normalmente site de banco q chia com essas coisas.
Olha só esse tuto [1], o meu é de outro banco, mas o problema é semelhante, instalava e dizia q ñ tinha java na minha máquina. Era o plugin desativado, ativei e ñ tive de me preocupar.
[1] -
http://www.vivaolinux.com.br/dica/Java-Plugin-no-Fedora-17-Acessar-Banco-do-Brasil