Olá,
Você está usando o gnome-shell?
Se sim basta abrir a janela do empathy novamente, pois a lista de
contatos é a parte que vc vê, por baixo dos panos, quando conectado, o
telepathy continua agindo.
Portanto vc pode fechar a lista de contatos que continuará online.
Seu status, alem da interface do empathy, pode ser controlado através do
menu de status no canto superior direito (aquele com o nome de usuário)
Para abrir a janela do empathy novamente acessar atividades >>
aplicativos >> empathy ou acessar atividades e começar a digitar o
nome empathy
Lembre-se que clicando no lançador de qualquer programa vc pode
adicioná-lo aos favoritos que aparecem do lado esquerdo da tela ao
acessar as atividades.